整个中世纪，疾病泛滥。
各种传染病，比如伤寒、天花、麻疹、结核病，轮流侵袭。
肺结核是中世纪十分普遍和致命的地方性疾病，营养缺乏和畸形也很常见，到处可见寄生虫病、肾结石、甲状腺肿瘤、盲人、瘸腿和瘫痪的人，此外，当时坏血病、流行性感冒、麦角中毒、舞蹈症、出汗病、痢疾、性病也盛行于欧洲。
因为疾病与死亡率太高，当时甚至有一句谚语：“活着的人还不够去埋葬死去的人。”
这种疾病的泛滥，很大的原因是因为中世纪时期恶劣的公共卫生环境。
古罗马时期，城市其实有修建大型引水管道，但是到中世纪已经毁坏消失，肮脏的污水和满地垃圾成为了常见的城市街景。在供水有限的城市，清洁水源有限，公民一般在公共浴室沐浴。到中世纪末，这些公共浴室因为名声败坏关闭。
城市居民想要水源，需要走很远的道路去有限的自来水井打水；
厕所常常跟满溢的化粪池相连，必须要清扫工来清空，垃圾被胡乱扔在街上，更不用说酗酒之后随地倒下的酒鬼，和随地大小便的男人了，论清洁卫生还不如古罗马时期。
【在这一时期，西方人同样误以为是空气中有“瘴气”，污染了空气和水，才导致了人类的疾病。于是人们信任教会，向神明祈祷，信任巫医手段混合的医生。】
【在欧洲黑死病过后，当人们死伤过度，发现祈祷无用的时候，对神权也产生了动摇，开始进入文艺复兴。】
黑死病的折磨下，让欧洲研究出来不少对抗瘟疫的方法。
当时的罗马等城市，会把来自疫区的人隔离在岛上1个月以后才可以入城，所有来自海上的船只要求离岸停靠40天。
检疫隔离也成为了中世纪最重要的流行病预防措施，“检疫”的英文词就来源于这个时期。
后来，所有港口建立了隔离所和医院，病人被隔离、强制报告、消毒。
政府给全体居民发放医学小册子普遍性启蒙，瘟疫期间强制掩埋尸体、限制人口流动和群体检疫，形成了一套公共卫生制度，直到现在依然在使用。
【黑死病还让医学有了一个特别的发展方向——医学界开始注重人体解剖。】
【在黑死病之后，医学研究者更加注重临床实践，强调“解剖研究”。个人研究人体的方式发生了显著的变化，成为一个更直接地处理不同疾病和健康状态的人体的过程。此外，在这个时候，外科医生的重要性变得更加明显】
在这个过程中，不断地有人在接力。
1315年，意大利的波仑雅医校中，教师蒙迪诺公开解剖一具女尸，1316年写了一本《解剖学》，书中附有一幅解剖教学图展现了解剖过程。
图画中，教授坐在讲台上，助手在讲解，仆人在操作解剖，学生们在围观——也就是说，解剖实际上是不专业的仆人操作的。
作为最早的解剖书籍，这本书印刷了20多次，一直沿用到16世纪，在这期间，解剖学几乎毫无发展，解剖也都是其他人操作，从不亲自实践。
14-16世纪的文艺复兴，让解剖学从外科学中分离出来，对学生真正有益的解剖学知识逐渐增加。
16世纪，意大利画家列奥纳多·达·芬奇的解剖工作和解剖图带给了社会很大的冲击，兴起一阵解剖学的热浪，让画家、药剂师和医生紧密联系起来，并且有了更完美的人体解剖科普图，对当时的画家学习透视画法
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