他暗暗下定决心：“我要回去改革医学！”
于是，当余云岫学成归国，第一反应不是将自己所□□用到华夏.医学，而是全面否定自己祖国的医学。
回国后的第二年，余云岫著书《灵素商兑》一书。
这是一本全面批判和否定中医的奠基著作，余云岫也成为了最早提出“反中医”和“废禁中医”观点的代表人物。
在书中，余云岫把中医批得一无是处，说中医“无明确之实验，无巩固之证据……不问真相是非合不合也……”，说中医“是占星术和不科学的玄学”，声称“不歼《内经》，无以绝其祸根”。
余云岫一直鼓吹中医是“杀人的祸首”，主张“坚决消灭中医”，“如不消灭中医，不但妨碍民族的繁息、民生的改良”，而且国际地位的“迁善”也无从谈起；“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展”。
开始时，余云岫的名气不大，他的言论没有多大影响。
1929年2月，南京政府卫生部在氵王精卫的授意下召开第一届中央卫生委员会会议时，围绕着“废止中医”问题，提出：取消旧医药，全盘否定中医中药。
余云岫以“中华民国医药学会上海分会会长”的身份参会，提交了议案《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》，结果除“一个‘医学外行’次长和一两个参事抱怀疑态度外，其余是满场一致通过”。
这就是臭名昭著的“废止中医案”。
2月26日，上海《新闻报》率先将此事公诸于众；
3月2日，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊，公然刊出了还没有宣布实行的“废止中医案”，在社会各界引发了轰轰烈烈的反响。
【值得一提的是，这个所谓的废止中医的医药学会，实际上没有一名中医！】
【更嘲讽的是，不久之后，氵王精卫的岳母突患恶性痢疾，请遍西医都没有效果。后来，氵王精卫不得不请当时的老中医施今墨，施今墨只是靠把脉就道出病情，开药后3天痢疾停止，5天胃口好转，10天后就痊愈了。这效果比当时所谓的“科学西医”要高明多了。】
【氵王精卫经此一事，不再废除中医，特意题赠了“美意延年”的牌匾给老中医施今墨。】
原本看到余云岫“反中医”，还有当权者支持和执行废除中医政策，不少大夫气得不轻。
直到看到这里，才觉得出了一口恶气。
“哈哈哈哈，这洋人果然不行。”
华佗笑得畅快：“还得是老祖宗的医术才能救人活命。”
在唐朝，其他国家也有公费来大唐学习的留学生，孙思邈也与外国留学生打过交道，虽然知道其中不少留学生钦慕大唐文化，也没见彻底否定自己国家文化的。相反，不少外国人学成之后不忘把文化带回自己国家，比如那日本。
孙思邈眉头紧皱：“这学生公费留学，是不是拿着公中的钱去国外读书？就读成这样子？”
清朝，叶天士为康熙皇帝治疗过背后痤疮，对康熙帝服用的金鸡纳霜也有所了解，身处在这个大环境，更知道为什么有些人更偏向西医，但是西药真不是万能的。
“西医治疗疟疾的神药也不是西方的，还是美洲的，离开那一味神药就不行了。”
【但是这并不能解决国党反中医的决心，哪怕全国中医结成组织，全国17个省市及南洋、菲律宾等223个团体的457位代表参加请愿，光头当着请愿者的面答应撤销反中医政策，但是代表一离开立刻推翻自己的诺言。】
【1930年，国党中央委员会最终于第226次政治会议上，正式确立了中医药的合法地位。为纪念这次抗争的胜利，并希望中医中药能在中国乃至全世界弘扬光大，造福人类，医学界人士将3月17日定为“中国
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