但是到了元朝，“三皇”这几位上古神君的形象，变成了医学的神邸：
元朝医者看来，伏羲教授人织网捕鱼，食用熟食，生命健康有了保障；神农尝百草，了解了百草的药性与毒性，并作《神农本草经》宣扬医疗；黄帝与岐伯探讨医理，成《黄帝内经》，又有“岐黄之术”的说法。
因此，在金末元初时，民间有医者自发兴建三皇庙，“三皇”摇身一变成为了医学行业的始祖。
如同儒家专门祭祀孔庙一样，医人专门祭祀三皇，“三皇庙学”也成为了元朝医学的代称，是元朝医学教育制度中最有特色的一个方面。
到元朝，各路要求设置医学开始，三皇庙被国家正式纳入官方规划管理范畴，忽必烈下令强调各地建立医学和三皇庙，从各路推行到了郡县，一直持续到了明初。
元朝统治者对医学的推崇，和结合三皇庙的推广，将医家提升到了前所未有的高度。
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“国之大事，在祭与戎！”
听到“三皇庙”第一次是与医学校合一而不是儒学，最在意礼的隋唐两宋的儒家弟子在不同时空齐齐炸开了锅。
“医学怎么能入三皇庙！”
“医学不过是小道尔，怎么能入三皇庙！”
“不愧是蛮夷，难怪不到百年而亡！”
“三皇什么时候成为医家三皇了！”
“这明明是我儒家的三皇！”
与之完全相反的，是医家弟子齐齐陷入过年一般的喜庆气氛。
“医学怎么不能入？有本事一辈子别看医生。”
儒家弟子立刻回怼：“我生病了才需要看医生，没病就根本不需要医生，凭什么让医学入三皇庙？”
兵家人同样愤怒：“就是，兵家都没入，凭什么医家入！”
其他百家一个比一个激动，打嘴仗的、撸袖子的，齐齐上阵，就差直接动手围殴医家弟子。
在朝堂之上的，碍于帝王，只是打嘴仗，口水喷的医家弟子非常嫌弃，戴上口罩对骂。
在民间的就直接当街打起来都有，但是医家弟子或许比不过兵家弟子的强悍体魄，却懂经穴，打架时喜欢点麻穴，其他弟子打着打着开始哀嚎：“我手麻了！”
“我脚麻了！”
“医家人阴险！”
……
不管怎么骂，医家人这一轮，都是赢了。
【元朝，或者说蒙元，文明很短暂，成吉思汗时期才发明蒙古的文字。】
【或许正因为自己没有，所以对所有文化都很重视，并不是现代网络上所说“蒙古野蛮什么都不管才野蛮生长”，事实上从成吉思汗到元顺帝，对科技、对工匠，以及对医术、对商人都是非常重视的。】
【他们唯独不重视儒学，所以在元朝科举的次数非常少。也可以从中看出为什么忽必烈与儿子真金有矛盾，元朝统治者主打的是一个实用性，就算忽必烈重视“儒”也更多是的兼容并济的政治手段，与其说他信儒，不如说是信王者的霸道。】
知道蒙元灭了宋朝的宋朝文人气到什么风度都顾不上了，在街头，在酒楼，在家中，激情开骂：
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